Obwohl Fechheim zum ersten Mal im Jahr 1162 genannt wurde, spricht seine Stellung in der kirchlichen Organisation dafür, dass es wesentlich älter ist. Ab dem 9. Jahrhundert bildete der Ort den Mittelpunkt einer Großpfarrei. Von der Kirche jener Zeit ist nichts erhalten geblieben.

Der Zeit um 1200 entstammt das Untergeschoss des Turmes, in dem im Inneren noch romanische Bauteile enthalten sind. Die schmalen Fenster mit den Knospenkapitellen in den oberen Geschossen gehören jedoch stilistisch schon zur Frühgotik um 1300. Um diese Zeit sank Fechheim auf die Stufe einer einfachen Landpfarrei herab.

Einige Merkmale weisen auf eine Schutzfunktion der Fechheimer Kirche für die Umgebung hin, etwa noch erhaltene Teile der Mauer sowie die Scharwachtürmchen am Kirchturm.

Im 15. Jahrhundert entstand der gotische Chor mit den Spitzbogenfenstern. Im Inneren ist noch die Form des Gewölbes zu erkennen, das durch eine Flachdecke ersetzt wurde. Den Chor schmücken an den Wänden Weihekreuze und ein Sakramentshäuschen, das Christus am Kreuz mit Maria und Magdalena zeigt. Stark verblasste gotische Malereien im Durchgang zum Altarraum sollen das Gleichnis von den fünf klugen und den fünf törichten Jungfrauen zeigen.

Ebenfalls noch mittelalterlich, wenn auch stark überarbeitet, ist ein Tafelbild von 1486 an der Südwand des Kirchenschiffs, das Szenen aus der Kilianslegende zeigt. Es ist das letzte Überbleibsel der Verehrung des heiligen Kilian in Fechheim, wo er bis 1704 Kirchenpatron war.

Im Jahr 1576 malte der Neustadter Peter Zöberer das Auferstehungsbild im Altarraum. Der perspektivisch dargestellte Steinsarkophag ebenso wie die schwungvolle Gebärde des Auferstandenen und die hinstürzenden Wächter verweisen das Werk stilistisch in die Renaissance.

Das Epitaph des Pfarrers Johannes Truckenbrot von 1611 ist das einzige, das bis heute erhalten blieb. Es besteht aus einer Kreuzigungsdarstellung mit Maria und Johannes sowie einem darunter befindlichen Bild der gesamten Familie Truckenbrot.

Die Familie Eyring stellte in drei Generationen den Fechheimer Pfarrer. Johann Andreas Eyring war es, der den Neubau des Kirchenschiffs 1702 bis 1704 veranlasste. Die Planung lag in den Händen des Coburger Steinhauermeisters Johann Friedrich Weinlein. Der Coburger Hofmaler Johann Schuster bemalte die Kirchendecke mit Darstellungen nach der Offenbarung des Johannes, als Hinweis auf die "letzten Dinge", das Ende und die Zukunft der Menschheit. Der Stuck an der Decke stammt von Johann Beinthner aus Tirol.

Anlässlich dieses Kirchenneubaus entstanden auch die 87 Emporenbilder, gemalt vom Coburger Maler Johann Schnabel, die durch das gesamte Alte und Neue Testament führen und in einem Apostelzyklus enden. Kurz nach der Einweihung der Kirche im September 1704 wurde die Kirche zu Ehren des Erzengels Michael umbenannt.

Zur Kanzel, die mit Bildern der Evangelisten geschmückt ist, führt ein Treppenaufgang, der etwa 1730/40 hergestellt wurde und als „ländliches Rokoko“ eingeschätzt wird.

Der heute noch erhaltene Taufstein in klassizistischer Form, der einen älteren ersetzte, stammt vom Ende des 18. Jahrhunderts. Die Orgel wurde 1874 von Friedrich Wilhelm Holland aus Schmiedefeld gebaut.

Im 20. und 21. Jahrhundert wurden mehrere Restaurierungen der ganzen Kirche sowie von einzelnen Teilen erforderlich. Die letzte Generalsanierung, die sich infolge des Absturzes des Deckengemäldes 2013 als erforderlich herausstellte, dauerte bis 2023.

So hat die Gemeinde heute ein wahres Schmuckstück, das unter Denkmalschutz steht, aber uns vor die Aufgabe stellt, es nicht nur unter diesem Aspekt und damit als unveränderlich zu betrachten, sondern mit Leben aus dem Glauben heraus zu füllen.